У меня, по правде, опыт сканирования именно СД - нулевой, но бумажки сканировать приходилось. Если у сканера крышка закрывается сверху, "как книга" - тут вроде опасности особо нет, если аккуратно. А у вас по другому закрывается?
В любом случае, если штамповка - наверное можно не волноваться, т.к. там несущий слой - это металл в пластике, его так просто не процарапать. А вот с CD-R, можно навредить, если не аккуратно, там худой химический слой, иногда даже без лака, покрыт худой краской. В этом случае, если не удачно царапнуть - может критично оказаться. Хотя многие, не вникая в детали - берегут не ту сторону диска, а пластик к лазеру - и кидают диски краской на стол, считая, что так безопасней.
Мне кажется, если аккуратно, то можно не волноваться в любом случае, если стекло в сканере не тёртое и крышка закрывается сверху. Для подстраховки - может попробовать какой худой целлофан на стекло положить или что-то другое придумать, прозрачное? Тут надо будет смотреть, что-бы резкость и пр. не ухудшались.
