Я поясню ситуацию. По приведённой мною ссылке качается полная версия 4.01, в то время как на эмуленде выложено только обновление для 4.0 до 4.01, поэтому если ты скачаешь версию 4.0 здесь http://www.emu-land.net/news/makaron-ex-40-newgen , то заметишь, что также появятся сообщения об обнаружении вирусов в тех же файлах, что и в 4.01, в зависимости от антивируса, при закачке, открытии или запуске.
А почему так происходит - это уже вопрос к разработчикам.